जजोजारी नदी में भयंकर औद्योगिक प्रदूषण के कारण जोधपुर में नदी के खेतों में उगे अनाज में सीसा और कैडमियम जैसी भारी धातुएं पाई गई, जो सेहत के लिए हानिकारक हैं। 

जोजारी नदी राजस्‍थान की सबसे महत्‍वपूर्ण जोजारी-लूनी-बांदी नदी प्रणाली का एक महत्‍वपूर्ण अंग है।

राजस्‍थान की जोजारी नदी में औद्योगिक प्रदूषण पर सुप्रीम कोर्ट ने संज्ञान लेते हुए सख्‍त टिप्‍पणी की है।