যেসব এলাকায় সিউয়েজ পাইপ ও শোধনাগারের ব্যবস্থা আছে সেখানে সিউয়েজ শোধনের তিনটি মূল পর্যায় ব্যবহৃত হয়ে থাকে যাতে করে শোধিত তরলের গুণগতমান পরিবেশের সাম্য রক্ষা করতে পারে।

যে সব এলাকায় সিউয়েজ পাইপ ব্যবস্থা ও শোধনাগারের ব্যবস্থা নেই সেখানে সিউয়েজের স্বাস্থ্যসম্মত অপসারণের জন্য সেপটিক ট্যাঙ্ক ব্যবস্থা সর্বাপেক্ষা উপযুক্ত। সেপটিক ট্যাঙ্ক বা মলশোধনাগার হল ইট বা কংক্রীটের তৈরি আয়তাকার চৌবাচ্চা। দুটি আলাদা কক্ষ এবং জলবিরোধী কংক্রীটের মেঝে ও ঢাকনাসহ। পায়খানা থেকে সিউয়েজ পাইপ মারফত সরাসরি এখানে আসে। প্রথম অংশে অবক্ষেপ (sedimentation) এবং দ্বিতীয় কক্ষে স্লাজ পরিপাক(sludge digestion)। অক্সিজেনের উপস্থিতিতে রাসায়নিক বিয়োজন ক্রিয়া(Bio-chemical decomposition) সংগঠিত হয়ে আংশিকভাবে তরল ও গ্যাসে রূপান্তরিত হয়।

যেসব এলাকায় সিউয়েজ পাইপ ও শোধনাগারের ব্যবস্থা আছে সেখানে সিউয়েজ শোধনের তিনটি মূল পর্যায় ব্যবহৃত হয়ে থাকে যাতে করে শোধিত তরলের গুণগতমান পরিবেশের সাম্য রক্ষা করতে পারে। এই তিনটি মূল পর্যায় হল প্রাথমিক শোধন এবং দ্বিতীয় পর্যায়ের শোধন এবং তৃতীয়ত অন্তিম শোধন।

প্রাথমিক শোধন আবার চারটি স্তরে বিভক্ত থাকে যার মাধ্যমে সিউয়েজের সাথে প্রবাহিত অজৈব কঠিন পদার্থ যথা পাথরকুচি, ভারের খোলা, কাঠের টুকরো, কাপড়, পাতা জাতীয় বড় সব পদার্থ, কাঁকর, কাদামাটি, বালি, চর্বি, গ্রীজ (oil & grease) এবং ক্ষার বা অ্যাসিড জাতীয় পদার্থকে প্রশমিত করে সিউয়েজ শোধনের প্রস্তুতি পর্ব সমাপন করা। এর ফলে পরবর্তী পাম্প ইউনিট এবং মূল শোধন প্রক্রিয়াগুলোতে চাপ কম পড়ে। এজন্য সিউয়েজকে পর্যায়ক্রমে মোটা ছাকনি (screening) কাঁকর দূরীকরণ (Grit Chamber), কাদামাটি, বালি থিতানো বা অবক্ষেপ কক্ষে পাঠিয়ে প্রাথমিকভাবে সিউয়েজের মধ্যে স্থিত থিতানো যোগ্য ক্ষুদ্র ক্ষুদ্র জৈব ও অজৈব পদার্থ, কাঁকর, বালি, কাগজ কাপড়ের টুকরো, মরা জীবজন্তু দূরীভূত করা।

দেখা গেছে, প্রাথমিকভাবে এই শোধন প্রক্রিয়ায় ভাসমানকণা (Suspended solids), জীব রাসায়নিক অক্সিজেন চাহিদা ( BOD), জীবাণু (Total coliform),মোটামুটিভাবে 45-60 শতাংশ, 30-45 শতাংশ ও 40-60 শতাংশ দূরীভূত হয়ে থাকে। মনে রাখা দরকার, যদি দেখা যায় BOD-র পরিমাণ 40 কি.গ্রাম প্রতি লিটারের কম তখন দ্বিতীয় পর্যায়ের শোধন প্রক্রিয়ার প্রয়োজন নেই। দ্বিতীয় পর্যায়ের জৈবিক শোধন প্রক্রিয়ায় (Secondary treatment) বিভিন্ন পদ্ধতি ব্যবহৃত হয়ে থাকে। যেমন- শোধন প্রক্রিয়া (Aerobic treatment) ও অবাত শোধন প্রক্রিয়া (Anaerobic treatment) সাধারণভাবে অ্যারোবিক ট্রিটমেণ্টের প্রক্রিয়াগুলো এই রকম –

1. অ্যাক্টিভেটেড স্লাজ বা সবীজ স্লাজ প্রক্রিয়া (Activated Sludge treatmen).
2. এক্সটেণ্ডেড এ্যায়ারেশন বা দীর্ঘায়ত বাতান্বিত প্রক্রিয়া (Extended aeration- oxidation ditch).
3. ট্রিকলিং ফিল্টার বা অণুস্রবণ পরিস্রাবক প্রক্রিয়া (Trickling filter).
4. সুস্থিত পুকুরের মাধ্যমে শোধন (Stabilization pond).
5. বাতান্বিত পুকুরের মাধ্যমে শোধন (Aerated lagoon).
6. ঘূর্ণায়মান জীবসংযুক্ত দড়ির মাধ্যমে শোদন (Rotating biological Rope treatment) ।

অবাত পদ্ধতি মধ্যে বায়ুহীন নিশ্চল ঝিল্লির মাধ্যমে শোধন (Anaerolic fixed film reactor) উল্লেখযোগ্য। উপরোক্ত পদ্দতিগুলির মাধ্যমে দূরীভূত জৈব ও অজৈব রাসায়নিক পদার্থগুলির শোধনের শতাংশের মাপ নিম্নে উল্লেখ করা হোল।

এছাড়া আছে অন্তিম শোধন অর্থাত Tertiary treatment, সেটা বিভিন্নক্ষেত্রে বিভিন্ন রকম, তবে সাধারণভাবে কোন কোন শোধনাগারে পরিশোধিত জল পুনরায় শোধনের জন্য অ্যাক্টিভেটেড চারকোলের (Activated Charcoal) মধ্য দিয়ে প্রবাহিত করা হয়। এছাড়াও পরিশোধিত জলকে (Grannular Medium Filtration or Hyperfiltration) reverse osmosis -এর মাধ্যমে পুনরায় শোধন করা হয়, নির্ভর করে পরিশোধিত জলকে কোথায় ও কিভাবে ব্যবহার করা হবে তার উপর। উপরোক্ত পদ্ধতিগুলোর মধ্যে কোন পদ্ধতিতে সিউয়েজের ময়লা জলকে শোধন করবো, সেটা নির্ভর করবে পদ্ধতির বিশ্বস্ততা (Process reliability), শোধনাগার বানানোর জন্য জায়গার পরিমাণ, শোধনের ক্রিয়াকলাপ বজায় রাখার জন্য খরচাদি (Operation and maintenance cost), ক্রিয়াকলাপ বজায় রাখার দক্ষতা (Operational Skill), বাত্সরিক ব্যয় সঞ্চয় (Annual cost saving)- এর উপর। অভিজ্ঞতার নিরিখে দেখা যাচ্ছে যে, যদি একটু বেশি জায়গা পাওয়া যায় তবে সুস্থিত পুকুর মাধ্যম (Stabilization Pond) ভীষণভাবে কার্যকরী এবং শোধিত জল (Treated effluent) বিভিন্ন গৃহাস্থালীর কাজে ব্যবহার করা সম্ভব। সম্ভব হয় মাছ চাষ (Pisciculture) ও বিভিন্ন চাষবাসের কাজে (Agri-irrigation) এই শোধিত জল ব্যবহার করা। আর যেখানে জমির পরিমান কম, সেখানে অ্যাক্টিভেটেড স্লাজ (Activated Sludge) বা এক্সটেণ্ডেড অ্যায়েরেশন এর মতো শোধন প্রক্রিয়া বেশ কার্যকরী।